Arrel d'un atemptat terrorista, a un mercat de Jerusalem, on moren dues noies de 17 anys –una víctima de l'atemptat, Israeliana i l'altra palestina terrorista suïcida - les seves mares es confronten revelant, així, el microcosmos del conflicte palestino-israelià i la complexitat de la reconciliació.

Morir a Jerusalem presenta la situació d'Israel i Palestina a través dels ulls de dues famílies tocades profundament per aquest enfrontament. Contrastant la vida i la mort de les dues noies, el documental ofereix una perspectiva personal del conflicte que freqüentment queda eclipsada per consideracions polítiques. Res és senzill, ni clar. Mentre que una de les morts va ser, per dir-ho d'alguna manera, escollida, l'altra va ser cosa del destí. Tot i això, les dues van ser víctimes d'una de les més llargues, complicades i inquietants pugnes dels nostres temps.

El 29 de març de 2002, Rachel Levy, israeliana de 17 anys, entrava a un petit comerç del veïnat de Kiryat Yovel, a Jerusalem, per comprar el sopar. Poc després, Ayat al-Akhras, palestina de 17 anys, s'aproximava a l'entrada de la botiga amb una bossa carregada d'explosius. Immediatament, l'Ayat va activar la bomba, i va acabar amb la seva vida, la de la Rachel i la del guàrdia de seguretat. 30 civils més van resultar ferits. Amb això, tres víctimes més s'afegien al catàleg de martiris de l'Orient Mitjà.

Abans d'acomplir la seva missió, l'Ayat va llegir una nota de suïcidi davant d'una càmera de vídeo. La declaració acusava els líders palestins i els exèrcits àrabs de no ajudar la causa palestina i de “deixar la lluita en mans de les noies palestines”. Precisament, una de les qüestions que intenta esbrinar el film és què podria haver conduït la jove Ayat a emprendre la seva missió mortal. En reconstruir els fets, un s'imagina les dues noies mirant-se un instant abans de l'explosió, adonant-se que eren de la mateixa edat. Les dues estaven a punt d'acabar d'institut i possiblement tenien il·lusions en comú.

Després de la mort de les noies la mare israeliana decideix conèixer la mare de l'assassina de la seva filla. Vol parlar-hi i trobar respostes. La pel·lícula projecta, així, una mirada sobre el món de cadascuna d'aquestes joves, i brinda a l'espectador la possibilitat de comprendre el conflicte des d'un punt de vista més proper als que el viuen; explorant les dificultats, les pors i les bretxes que separen els dos bàndols. El personatge d'Abigail Levy – mare de la Rachel – és seguit a través de la pel·lícula en la seva lluita per reunir-se amb la Um Samir – mare de l'Ayat –. Amb això, s'obre un canal de comunicació i amb ell l'esperança d'un futur millor. ¿Aconseguiran entendre's?